Ao abrigo dos diplomas adiante descritos, desde o ano 2000 que a Associação Geonauta, em articulação com o ICNF, efetua a monitorização de alguns abrigos de morcegos, a fim de registar o número total de indivíduos, número de indivíduos por espécie e dinâmica das colónias.
Os morcegos possuem grande importância: os insetívoros ajudam a controlar pragas agrícolas ou vetores de doença enquanto que, os polinívoros (comem pólen) e os frugívoros (fruta), ajudam na polinização e na regeneração de florestas.
Todas as espécies de morcegos que ocorrem em Portugal estão protegidas por vários diplomas legais, nomeadamente pela Convenção de Berna (Decreto nº 95/81, de 23 de Julho; Decreto Lei nº 316/89, de 22 de Setembro), Convenção de Bona (Decreto nº 103/80, de 11 de Outubro), EUROBATS (Decreto nº 31/95, de 18 de Agosto) e Directiva Habitats (Decreto-Lei n.º 140/99, de 24 de Abril, republicado pelo Decreto-Lei n.º 49/2005, de 24 de Fevereiro e alterado pelo Decreto-Lei nº 156-A/2013, de 8 de Novembro); a Directiva Habitats protege ainda os seus abrigos, (Calendarização da visitação de abrigos de morcegos de importância nacional, ICNF. 2015).