A Geonauta teve a sua origem no interesse comum, pela atividade Espeleológica, entre um grupo de jovens, no final da década de 70. O referido grupo foi crescendo tornando-se, em 1984, uma Delegação da Sociedade Portuguesa de Espeleologia.
Mais tarde, já com formação avançada, este grupo com dimensão considerável decide deixar de ser uma Delegação e formar uma Associação, para poder operar de forma autónoma e independente.
Desta forma, em 1997, a Associação Geonauta filiou-se na Federação Portuguesa de Espeleologia – FPE, de onde obtém atualmente formação homologada, suporte técnico, apoio jurídico e científico, assim como, apoio diverso na prática desta modalidade.
No ano 2000, foi oficialmente criada a Associação Geonauta, tendo sido efetuado o seu registo no Cartório Notarial e lavrados os seus estatutos.
As principais atividades que a Associação Geonauta integra são: a prática e desenvolvimento de atividades na área da Espeleologia, com especial incidência para a exploração, estudo e conservação do património subterrâneo natural e ecossistemas associados, protegendo-os de modo a evitar a sua delapidação. Para cumprir esses objetivos, a Geonauta realiza regularmente atividades em todo o Barrocal Algarvio, colabora ativamente em estudos científicos, recebe formação técnica e trabalha com diversos dados de campo adquiridos. A maioria das colaborações dá-se com instituições nas áreas da Biologia, Arqueologia, Geologia, Hidrologia, entre outras. São também efetuadas apresentações regulares em escolas locais e instituições de ensino superior.
Para proceder em segurança à exploração dos ambientes subterrâneos, a Associação Geonauta promove a formação avançada dos seus associados, permitindo aos mesmos uma progressão segura em condições extremas e perante os mais exigentes obstáculos.